Question

我需要在R中的两个列表之间执行嵌套的％dopar％循环。

我使用非并行代码处理循环，如下所示：

main_lst = rep(list(list()), 10) # create main list where loop's results will be stored

lst_1 = rep(list(list()), 25) # create list no. 1

for (i in 1:length(lst_1)) {
  lst_1[[i]] = data.frame(x = seq(1:30), y = rnorm(30))
}

lst_2 = rep(list(list()), 10) # create list no. 2

for (i in 1:length(lst_2)) {
  lst_2[[i]] = data.frame(x = seq(16:30), z = rnorm(15))
}


#### Do the for loop (non parallelised)
for (h in 1:length(main_lst)) {
  for (i in 1:length(lst_1)) {

    main_lst[[h]][[i]] = merge(lst_1[[i]], lst_2[[h]][,c(1:2)], by = 'x')

  }
}

关于如何并行处理上述for循环的任何建议？我应该试试lapply（或parlapply）吗？

这是我尝试过的方法，但是不起作用：

### Run in Parallel
library(foreach)
library(doParallel)

#setup parallel backend to use many processors
cores=detectCores()
cl = makeCluster(cores[1]-1) 
registerDoParallel(cl)


main_lst = foreach(h=1:length(main_lst)) %:% {
  foreach(i=1:length(lst_1)) %dopar% {

    main_lst[[h]][[i]] = merge(lst_1[[i]], lst_2[[h]][,c(1:2)], by = 'x')

  }
}


#stop cluster
stopCluster(cl)

foreach（h = 1：main_lst）％：％{：“％：％”传递了错误非法权限操作数

Answer 1

我只编辑了少数几个（删除了{和}，更改了h的迭代限制并分配了main_lst）

main_lst = foreach(h=1:10) %:% 
  foreach(i=1:length(lst_1)) %dopar% {
    merge(lst_1[[i]], lst_2[[h]][,c(1:2)], by = 'x')
   }

foreach语句的结果将自动按列表收集（除非您设置.combine = rbind之类的特定类型。）

所以您不必分配它！

r-列表之间的嵌套％dopar％循环

1 个答案: