Question

因此，我已经使用一个循环成功地在R中使用了每个％dopar％（例如“ i”）。现在，我正在尝试使用两个循环（例如“ i”和“ j”）进行foreach。

我需要在两个大型数据框之间进行相关性分析。 DF1具有22个特征和280个样本（值“ i”遍历该DF的行）。 DF2具有大约20,000个特征和相同的280个样本（值“ j”遍历该DF的行）

从调试中，我了解到的是，我编写的这段代码仅在i和j具有相同值的循环中运行。即，对于1和j = 1，2，..... 22。

对于其他j值，循环未运行。有人可以帮我弄清楚如何编辑代码以使其适用于所有“ i”和“ j”值吗？非常感谢你！

我的代码如下。

corrResult1<-foreach(i=1:nrow(DF1),j=1:nrow(DF2),.combine=rbind) %dopar% {
oneValueDF1 = as.numeric(DF1[i,])
oneValueDF2 = as.numeric(DF2[j,])
myCor1 = cor(x = oneValueDF1, y = oneValueDF2 , method = "pearson")
    #correlation test
myCor1_test = cor.test(oneValueDF2, oneValueDF1, method="pearson") 

tempMatrix = cbind(oneValueDF1, oneValueDF2,
                       myCor1_test$statistic, # T stat
                       myCor1_test$parameter, #DF
                       myCor1_test$p.value, #p alue
                       myCor1_test$estimate, #corr coeff
                       myCor1_test$conf.int[1], #conf int 1
                       myCor1_test$conf.int[2], #conf int 2
                       myCor1_test$null.value, 
                       myCor1_test$alternative,
                       myCor1_test$method) 

    tempMatrix

}

Answer 1

这有效。如果它对任何人都有用：

corrResult1<-foreach(i=1:nrow(DF1),.combine=rbind) %:% 
             foreach(j=1:nrow(DF2),.combine=rbind) %dopar% { 

oneValueDF1 = as.numeric(DF1[i,])
oneValueDF2 = as.numeric(DF2[j,])
myCor1 = cor(x = oneValueDF1, y = oneValueDF2 , method = "pearson")
#correlation test
myCor1_test = cor.test(oneValueDF2, oneValueDF1, method="pearson") 

tempMatrix = cbind(oneValueDF1, oneValueDF2,
                   myCor1_test$statistic, # T stat
                   myCor1_test$parameter, #DF
                   myCor1_test$p.value, #p alue
                   myCor1_test$estimate, #corr coeff
                   myCor1_test$conf.int[1], #conf int 1
                   myCor1_test$conf.int[2], #conf int 2
                   myCor1_test$null.value, 
                   myCor1_test$alternative,
                   myCor1_test$method) 

    tempMatrix 

         }

在R中嵌套foreach％dopar％

1 个答案: