我正在尝试使用foreach
和%dopar%
运行一个函数,该函数会在每次迭代时将结果传回自身。下面的小例子:
require(doParallel)
test_function <- function(data)
{
result <- rbind(data, data)
return(result)
}
test_data <- mtcars
cl <- makeCluster(4)
registerDoParallel(cl)
results <- foreach(i = 1:10) %dopar%
{
aa <- test_function(test_data)
aa$iteration <- i
test_data <- aa
return(aa)
}
stopCluster(cl)
我希望在results
中看到的是一个包含10个数据帧的列表,每个数据帧的行数按顺序加倍。
似乎在test_data
函数中重新定义foreach
不会这样做,就像我只是在标准for循环中运行这些命令一样 - 如下所示:
results <- list()
for(i in 1:10)
{
aa <- test_function(test_data)
aa$iteration <- i
test_data <- aa
results[[i]] <- aa
}
非常感谢我对这里所忽略的内容有所了解。
答案 0 :(得分:0)
如果我正确理解您的问题,则会导致您的问题,因为您无法从并行化的for循环中更新全局变量test_data
。
要理解为什么要阻止这样做,请考虑并行化for循环中实际发生的事情:在不同线程上运行的多个worker正在并行执行操作,每个操作都有自己独立的本地范围变量。如果他们可以访问任何全局变量(或共享内存)而没有任何控制对它的访问的保护,那么就有可能破坏存储在变量中的任何内容 - 并且有几种不同的方式可能发生这种腐败。 / p>
预防这是concurrency control等semaphores结构的存在理由。这些允许用户执行您尝试的操作,但需要一些小心才能正确使用。
但是,它们在R中不可用。因此,R应该保护全局变量test_data
不以非thread safe方式进行修改。它实际上是在尝试保护您的数据。
解决方案是重写代码以删除任何更新全局变量的尝试(如果您仍想进行任何类型的并行处理)或切换到使用传统的顺序for循环(正如一些评论者已经建议的那样)。