如何将多个glmer模型绘制到一个图中?

时间:2019-05-04 00:05:08

标签: r lme4 sjplot

我有两个glmer模型,每个模型都有两个协变量,我想将它们绘制成一个图形。

MWE

## generalized linear mixed model
library(lattice)

cbpp$response <- sample(c(0,1), replace=TRUE, size=nrow(cbpp))
gm1 <- glmer(response ~ size + incidence + (1 | herd),
              data = cbpp, family = binomial)

cbpp$obs <- 1:nrow(cbpp)
gm2 <- glmer(response ~ size + incidence + (1 | herd) +  (1|obs),
              family = binomial, data = cbpp)

我正在尝试绘制每个模型的每个协变量的预测值。我发现了sjPlot库和plot_model函数,它们在使用type = "pred"时可以绘制这些预测。在每个模型上分别调用此函数非常完美,并且为每个模型生成两个单独的数字,如下所示:

enter image description here

但是我对R并不熟悉,我很难在同一张图上绘制4个图。

plot_model函数具有一个grid参数,该参数仅适用于具有泊松分布的模型。对于gm1gm2,我在呼叫plot_model(gm1, type = "pred", grid = TRUE)时收到以下错误:

Error in if (attr(x, "logistic", exact = TRUE) == "1" && attr(x, "is.trial",  : missing value where TRUE/FALSE needed

无论如何,我无法使用此方法在一个图中绘制三个模型,所以我尝试了三种不同的方法。首先,我看到了plot_models函数,该函数将多个模型作为输入。当我尝试将两个模型作为参数传递时,调用plot_models(gm1, gm2)时出现以下错误:

Error: $ operator not defined for this S4 class

第二,我尝试使用par函数设置mfrow,然后再次调用plot_model,但没有成功。我没有任何错误,但是这些图始终显示为单个数字。

第三,我尝试使用gridExtra库。打电话

p1 <- plot_model(gm1, type = "pred")
p2 <- plot_model(gm2, type = "pred")
grid.arrange(p1, p2)

导致以下错误:

Error in gList(list(ppt = list(data = list(x = c(-2, -1, 0, 1, 2, 3, 4,  : only 'grobs' allowed in "gList"

有人对此有见识吗?

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1 个答案:

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这似乎可行:

pp1 <- plot_model(gm1,type="pred")
pp2 <- plot_model(gm2,type="pred")
plot_grid(c(pp1,pp2))