我有两个glmer
模型,每个模型都有两个协变量,我想将它们绘制成一个图形。
MWE :
## generalized linear mixed model
library(lattice)
cbpp$response <- sample(c(0,1), replace=TRUE, size=nrow(cbpp))
gm1 <- glmer(response ~ size + incidence + (1 | herd),
data = cbpp, family = binomial)
cbpp$obs <- 1:nrow(cbpp)
gm2 <- glmer(response ~ size + incidence + (1 | herd) + (1|obs),
family = binomial, data = cbpp)
我正在尝试绘制每个模型的每个协变量的预测值。我发现了sjPlot
库和plot_model
函数,它们在使用type = "pred"
时可以绘制这些预测。在每个模型上分别调用此函数非常完美,并且为每个模型生成两个单独的数字,如下所示:
但是我对R并不熟悉,我很难在同一张图上绘制4个图。
plot_model
函数具有一个grid
参数,该参数仅适用于具有泊松分布的模型。对于gm1
和gm2
,我在呼叫plot_model(gm1, type = "pred", grid = TRUE)
时收到以下错误:
Error in if (attr(x, "logistic", exact = TRUE) == "1" && attr(x, "is.trial", : missing value where TRUE/FALSE needed
无论如何,我无法使用此方法在一个图中绘制三个模型,所以我尝试了三种不同的方法。首先,我看到了plot_models
函数,该函数将多个模型作为输入。当我尝试将两个模型作为参数传递时,调用plot_models(gm1, gm2)
时出现以下错误:
Error: $ operator not defined for this S4 class
第二,我尝试使用par
函数设置mfrow
,然后再次调用plot_model
,但没有成功。我没有任何错误,但是这些图始终显示为单个数字。
第三,我尝试使用gridExtra
库。打电话
p1 <- plot_model(gm1, type = "pred")
p2 <- plot_model(gm2, type = "pred")
grid.arrange(p1, p2)
导致以下错误:
Error in gList(list(ppt = list(data = list(x = c(-2, -1, 0, 1, 2, 3, 4, : only 'grobs' allowed in "gList"
有人对此有见识吗?
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这似乎可行:
pp1 <- plot_model(gm1,type="pred")
pp2 <- plot_model(gm2,type="pred")
plot_grid(c(pp1,pp2))