glmer情节中的错误?

时间:2016-04-23 17:09:57

标签: r plot lme4

我试图绘制一个glmer模型的输出。

MOD1A <- glmer(y ~ Treenumb +  Pineprop +  Wood +  Pineprop*Wood +    
                   (1|Site) +  (1|obs), family=binomial,  data = PRET10)

,其中

  • y =二元回复
  • Treenumb和Pineprop =继续变量
  • 伍德= 因素(存在/绝对)。

以下是输出摘要表:

Scaled residuals: 
Min      1Q  Median      3Q     Max 
-1.6608 -0.7533 -0.4580  0.9569  2.0366

Random effects:
 Groups Name        Variance  Std.Dev. 
 obs    (Intercept) 6.388e-10 2.527e-05
 Site   (Intercept) 1.710e-01 4.135e-01
Number of obs: 100, groups:  obs, 100; Site, 10

Fixed effects:
            Estimate Std. Error z value Pr(>|z|)  
(Intercept) -2.23318    0.98193  -2.274   0.0229 *
Treenum      0.04914    0.02147   2.289   0.0221 *
Pineprop     0.72572    0.94411   0.769   0.4421  
Wood         1.43132    0.73979   1.935   0.0530 .
Pineprop:   -2.05649    0.95801  -2.147   0.0318 *
Wood

我尝试使用以下代码绘制Pine:Wood之间的交互:

x<-seq(0,1,length=100)
fits.woodpres <- ((-2.23318+1.43132) + (0.72572-2.05649)*x)
fits.woodabsc <- ((-2.23318-1.43132) + (0.72572+2.05649)*x)
plot(PRET10$pineprop[PRET10$wood=="pres"],fitted(MOD1A)[PRET10$wood=="pres"], pch=20,las=1,ylab="Predation", xlab="Pine proportion",ylim = c(0,1))
lines(x,invlogit(fits.woodpres))
points(PRET10$pineprop[PRET10$Wood=="abs"],fitted(MOD1A)[PRET10$Wood=="abs"], col=2, pch=20)
lines(x,invlogit(fits.woodabs),col=2

所以,基本上我试图直接从汇总表(对比聚)获得估计和相互作用的斜率。

这是情节:

enter image description here

正如您所看到的,曲线相对于点而言相当低。应该是绘图代码的问题?

我总是试图在论坛中查找我的问题,但这次我真的找不到任何解决方案。

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