如何为glmnet cox家庭计算R中的生存函数?

时间:2019-04-13 08:46:26

标签: r glmnet cox-regression survival

我有583名2型糖尿病患者的样本数据,并希望计算每位患者的5年事件发生概率。所收集的变量是事件变量在5年内被检查的时间,事件状态和38个独立参数。

对于所有变量,Cox回归均未给出显着结果,因此应用了针对Cox族指定的弹性净回归。

使用了R中的以下命令:

library(survival)
library(glmnet)

y<-Surv(time,status)
x<- cbind(Age,Sex,Tobacco,Alcohol,Energy,HbA1c...)
y<-Surv(time,status)

fit<-glmnet(x,y,family="cox",alpha=0.5)

coef(fit)

获得贝塔系数后,根据RS = B1 * X1 + B2 * X2 + ... + Bn * Xn确定风险评分(RS)。接下来,我要计算该事件的5年概率。 Molnar et al. (2017)使用公式“ 1- S(5)EXP [RS]”,Yang et al. (2007)使用公式“ 1- S(5)EXP [RS-RS的平均值”。

我的问题是:

1)应用glmnet后如何计算生存函数S(t)?是否可以使用survfit命令?杨等。指出当风险评分取其平均值时,S(t)是t年内的生存函数。如何确定?

2)使用哪个公式是更好的选择?我找不到有关Yang等人开发的公式的任何背景。

我们将不胜感激任何帮助。

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