如何从R中拟合的Cox PH模型计算预期风险?

时间:2018-11-09 06:18:58

标签: r survival-analysis cox-regression

我想计算预期风险(累积发生率),该风险是使用R包从拟合的Cox PH模型得出的。

我具有拟合的Cox PH模型,如下所示:

##[Variables]##
# **Dataset: 10,000 cases(patients) with 6 variabels

# t: time to event, s: event (coded as 0 or 1)
# covariates: X1, X2, X3, X4 (coded as 0 or 1)

fit <- coxph(Surv (t,s) ~ X1 + X2 + X3 + X4, data = data)

summary (fit)

#          coef   exp(coef)  se (coef)   z     P         
#    X1   -0.3777    0.6855   0.1120   -3.37    0.00075
#    X2    0.4014    1.4938   0.0518    7.74   <0.0001
#    X3    0.7417    2.0995   0.0893    8.31   <0.0001
#    X4    0.4330    1.5419   0.1268    3.42   <0.001 

根据此模型,我想根据X1 = 0或X1 = 1计算每种情况的预期风险(事件的累积发生率)。

换句话说,如果所有10,000个案例的X1为0,我如何计算每个案例的预期风险?同时,如果所有10,000个案例的X1为1,我如何计算每个案例的预期风险? (使用R)

在计算出每个患者的预期风险之后,我想根据变量X1 [根据(X1 = 0时的预期风险)-(X1 =时的预期风险)计算每个患者的风险收益率。 1)],对吗?

同时,我尝试根据X1绘制预期的累积风险曲线,如下所示;合适吗?

baseha = basehaz(fit, centered=FALSE)

# X1=0: exp (-0.38*0) = 1, X1=1: exp (-0.38*1) = 0.68

plot(baseha$$time[,2], baseha$hazard*(1), type="s", lty=1)
lines(baseha$$time[,2], baseha$hazard*(0.68), type="s", lty=2)

谢谢您的回答。

0 个答案:

没有答案