Question

简介：

可以使用coxph包的survival函数估算Cox比例风险（PH）模型。从这种类型的模型中获得明显结果的明显要求是危险是成比例的，即它们随时间是恒定的。如果对于某个变量不是这种情况，可以通过使该可变时间的系数变化来解决。（现在它在技术上是一个扩展的Cox模型。）这是通过将tt()添加到该变量并指定一段时间的函数来完成的（参见vignette("timedep", package = "survival")第19页+）。

问题：

如果在未指定功能的情况下使用tt()，则使用哪个功能？

以下是一个例子：

library(survival)
data(lung)
cox_model <- coxph(Surv(time, status) ~ age + sex + ph.karno, data = lung)
cox_model_ph <- cox.zph(cox_model) 
#              rho    chisq       p
# age      0.00701  0.00871 0.92566
# sex      0.12249  2.42336 0.11954
# ph.karno 0.23135  8.24167 0.00409
# GLOBAL        NA 11.54750 0.00911

我们发现ph.karno违反了PH假设（小p值），因此添加tt()：

cox_model_tt <- coxph(Surv(time, status) ~ age + sex + tt(ph.karno), data = lung)
cox_model_tt_ph <- cox.zph(cox_model_tt)
#                   rho  chisq      p
# age          -0.00907 0.0142 0.9052
# sex           0.12844 2.7270 0.0987
# tt(ph.karno)  0.11643 2.3846 0.1225
# GLOBAL             NA 5.0220 0.1702

现在PH假设已经满足，但我不知道tt()函数究竟做了什么。我尝试了一些常用的功能，例如tt = function(x, t, ...) x*t，tt = function(x, t, ...) x + t，tt = function(x, t, ...) x*log(t)。但是所有结果都不同（并且无法修复PH违规）。

感谢任何帮助。

Answer 1

查看coxph的代码，我想如果找到它的话。你没有为'tt'参数提供任何值，所以我认为这会被执行：

if (is.null(tt)) {
            tt <- function(x, time, riskset, weights) {
                obrien <- function(x) {
                  r <- rank(x)
                  (r - 0.5)/(0.5 + length(r) - r)
                }
                unlist(tapply(x, riskset, obrien))
            }

这是一个实验性的确认：

> cox_model_OB <- coxph(Surv(time, status) ~ age + sex + tt(ph.karno), data = lung, tt=  function(x, time, riskset, weights) {
+                 obrien <- function(x) {
+                   r <- rank(x)
+                   (r - 0.5)/(0.5 + length(r) - r)
+                 }
+                 unlist(tapply(x, riskset, obrien))
+             }
+ )
> ( cox_model_tt_ph <- cox.zph(cox_model_tt) )
                  rho  chisq      p
age          -0.00907 0.0142 0.9052
sex           0.12844 2.7270 0.0987
tt(ph.karno)  0.11643 2.3846 0.1225
GLOBAL             NA 5.0220 0.1702

~~我想知道这是否是故意的。我怀疑它是在开发会话期间留下的代码。我怀疑Therneau打算不提供'tt'功能应至少发出警告，但可能更喜欢错误。~~ 所以这是一个猜测，我发现我错了，通过搜索小插图并发现它是有意的：“这依赖于tt（）的输入参数按事件编号或风险集排序的事实。如果在coxph调用中没有tt参数，则用作默认值，但在模型公式中有tt项。（这样做允许我折旧survobrien函数）。参考：当前生存包索引帮助页面链接到Vignettes的“使用Cox模型中的时间相关协变量和时间相关系数”的第23页。

coxph命令中时间转换函数的默认值是什么？

1 个答案: