在biopython中仅显示dna对齐分数

Question

我有DNA序列数据。 例如，

X="ACGGGT"
Y="ACGGT"

我想知道比对得分，因此我使用了biopython pairwise2函数。 例如，

from Bio import pairwise2
from Bio.pairwise2 import format_alignment

alignments = pairwise2.align.globalxx(X, Y)
for a in alignments:
    print(format_alignment(*a))

这成功显示了DNA比对，但我只需要以下得分。 有什么办法只能显示分数吗？

我使用了biopython，但如果有更好的方法，将不胜感激。

Answer 1

获取每个对齐元组的第3项（或为获得最佳分数，仅解析score_only参数）

>>> from Bio import pairwise2
>>> X="ACGGGT"
>>> Y="ACGGT"
>>> alignments = pairwise2.align.globalxx(X, Y)
>>> [a[2] for a in alignments]
[5.0, 5.0, 5.0]
>>> pairwise2.align.globalxx(X, Y, score_only=True)
5.0

另请参见更新的Bio.Align模块，该模块在许多用例中可能会更有效。如果您只想获得最高分，则可以将aligner.score()用作Markus注释：

>>> from Bio import Align
>>> aligner = Align.PairwiseAligner()
>>> alignments = aligner.align(X,Y)
>>> [a.score for a in alignments]
[5.0, 5.0, 5.0]
>>> aligner.score(X, Y)
5.0

如果仅 需要分数，则避免生成完全比对是两个模块最快，最节省内存的方式。