Biopython中的Tick和Feature标签

Question

使用以下最小代码

from Bio.Graphics import GenomeDiagram
from Bio.SeqFeature import SeqFeature, FeatureLocation

gdd = GenomeDiagram.Diagram('Construct Diagram')
construct_track = gdd.new_track(1, scale=True, scale_format="SInt", scale_smalltick_interval=10, scale_largetick_interval=100, scale_ticks=True, start=0, end=2222)
track_features = construct_track.new_set()

feature = SeqFeature(FeatureLocation(50,100, strand=+1))
track_features.add_feature(feature, name="my feature name", label=True, label_angle=30)

feature2 = SeqFeature(FeatureLocation(500,550, strand=-1))
track_features.add_feature(feature2, name="my feature name", label=True, label_angle=30)

gdd.draw(format="linear", fragments=1, start=0, end=2222)
gdd.write("test.png", "PNG")

我获得了以下（可怕的）数字：

现在，我可以调整数字外观，但有两个值得注意的例外：

• 我无法正确设置刻度标签（1Kbp和2 Kbp之间的所有主要刻度如何只读“1Kbp” - 我会解决为1100或1.1Kbp）
• 我不能让我的第二个特征的标签符合第一个特征的标记方式（当前文本是上下颠倒的，如果我将角度改为210，它会从轨道开始延伸而不是向外延伸（见下图）

你可以帮帮我吗？

Answer 1

以下是一些资源：

http://biopython.org/DIST/docs/api/Bio.Graphics.GenomeDiagram._Track.Track-class.html http://biopython.org/DIST/docs/tutorial/Tutorial.html

看起来你可以玩至少有几个选项：

勾选标签

  

  
• 我无法正确设置比例标签（ntice如何在1Kbp和2 Kbp之间读取所有主要信号只是“1Kbp” - 我会解决   1100或1.1Kbp）
  

如果您在scale_format=None的调用中gdd.new_track()（或者只是将该论点保留），您将获得1100等等。

功能标签

  

  
• 我不能让我的第二个功能的标签符合第一个功能的标签（目前文字是正面朝下的，如果我   将角度更改为210，它开始延伸到而不是向外   从轨道（见下图）
  

您可以尝试将label_position="end"传递给track_features.add_feature()。如果将它与210的角度组合在一起，它至少会使它不会从轨道向外延伸，尽管它会进入绿色阴影区域。也许这对你来说是可以接受的。

将这两个放在你的例子中：

from Bio.Graphics import GenomeDiagram
from Bio.SeqFeature import SeqFeature, FeatureLocation

gdd = GenomeDiagram.Diagram('Construct Diagram')
construct_track = gdd.new_track(1, scale=True, scale_format=None, scale_smalltick_interval=10, scale_largetick_interval=100, scale_ticks=True, start=0, end=2222)
track_features = construct_track.new_set()

feature = SeqFeature(FeatureLocation(50,100, strand=+1))
track_features.add_feature(feature, name="my feature name", label=True, label_angle=30)

feature2 = SeqFeature(FeatureLocation(500,550, strand=-1))
track_features.add_feature(feature2, name="my feature name", label=True, label_angle=210, label_position="end")

gdd.draw(format="linear", fragments=1, start=0, end=2222)
gdd.write("test.png", "PNG")