计算许多序列的（平均）序列差异

Question

我有~13K序列120个碱基，我想比较它们以找到保守区域之间的事物，它们之间的平均差异或非常不同的异常值。

问题是，通过这些序列，我尝试过的东西是不可行的。

所以有人在这个尺寸上做了类似的事情，可以给我一些提示如何实现它吗？或者也许只是我应该寻找的一些提示？

Answer 1

使用PHYLIP包的dnadist程序。您可以在Biopython库中获得一些帮助来处理Phylip对齐格式here。