Question

我快速浏览了其他帖子，但是即使其中一些似乎是常见的错误消息，也找不到具有相同错误的帖子，因此，如果我确实错过了上一个主题，我们深表歉意。

我正在尝试安装BioConductor软件包“ GO.db”，但始终收到错误消息：

> BiocManager::install("GO.db") Bioconductor version 3.8 (BiocManager
> 1.30.4), R 3.5.2 (2018-12-20) Installing package(s) 'GO.db' installing the source package ‘GO.db’
> 
> trying URL
> 'https://bioconductor.org/packages/3.8/data/annotation/src/contrib/GO.db_3.7.0.tar.gz'
> Content type 'application/x-gzip' length 31820876 bytes (30.3 MB)
> downloaded 30.3 MB
> 
> * installing *source* package 'GO.db' ... Warning in file.copy(f, instdir, TRUE) :   problem copying .\NAMESPACE to
> C:\Users\Name\Documents\R\win-library\3.5\GO.db\NAMESPACE: Permission
> denied Warning in file(file, if (append) "a" else "w") :   cannot open
> file 'C:/Users/Name/Documents/R/win-library/3.5/GO.db/DESCRIPTION':
> Permission denied Error in file(file, if (append) "a" else "w") :   
> cannot open the connection ERROR: installing package DESCRIPTION
> failed for package 'GO.db'
> * removing 'C:/Users/Name/Documents/R/win-library/3.5/GO.db' In R CMD INSTALL
> 
> The downloaded source packages are in
>         ‘C:\Users\Name\AppData\Local\Temp\RtmpeYicUm\downloaded_packages’
> installation path not writeable, unable to update packages: class,
> codetools,   Matrix Update old packages: 'assertthat', 'mgcv'

我尝试重新安装BiocManager，一直删除告诉我的目录。我什至尝试以管理员身份运行R。但是所有这些尝试都获得相同的错误消息。我已经看到建议将R CMD INSTALL与一些有关锁定的命令一起使用，但是由于这是BioConductor软件包，因此该解决方案似乎在这里不可用。

Answer 1

尝试通过多种方式下载软件包并尝试从本地文件安装后，我仍然没有运气。

出于我未知的原因，我仍然不得不使用防病毒软件来减少文件保护。 R已经在允许修改我的文件的程序列表中，但是由于任何原因，它仍然被阻止，并且仅是为了注入GO.db包-尽管我想我会发现更多将来会发生这些情况。

Answer 2

这项技术对我有用。

1）BiocManager :: install（“ Biobase”）

2）BiocManager :: install（“ GO.db”）

询问是否要更新所有软件包时，回答“ y”。

3）BiocManager :: valid（“ GO.db”）

[TRUE]

如果更新成功，将显示[TRUE]。

4）库（WGCNA）

您很有可能必须更新多个软件包。运行步骤4，然后查看警告文本。它告诉我，我还必须更新“ impute”和“ preprocessCore”。我通过对两个软件包重复步骤1-3解决了这两个问题。

如果正确更新所有软件包，则在执行步骤4时，将看到以下文本。此时，WGCNA已成功安装。

图书馆（WGCNA）;

附加程序包：“ WGCNA”

以下对象被“ package：IRanges”屏蔽：

cor

以下对象被“ package：S4Vectors”屏蔽：

cor

以下对象被“ package：stats”屏蔽：

cor

警告信息：软件包“ WGCNA”是在R版本3.6.3下构建的

无法在BiocManager中安装GO.db

2 个答案: