Question

我正在尝试运行一个脚本，它将按照以下几行提交一堆awk命令：

qsub -l h_vmem=32G -l h_rt=04:00:00 "awk '{if (last != $10) close(last); print >> "/directory/working/"$10 ".txt"; last = $10}' /directory/working/working_file.txt"

在交互式会话中运行时，awk命令本身可以正常工作，问题是当与qsub结合使用时，它会返回以下内容：

error opening awk '{if (last != 0) close(last); print >> '/directory/working: No such file or directory

最初，我认为这可以通过将整个awk命令放在双引号中来解决（如上所述），但这也返回了相同的错误。我对此的理解是，由于awk命令中有多余的双引号，因此该命令不起作用。但是据我所知，我需要在命令中添加那些双引号。

我尝试更改它，以使第一组双引号内的每个引号都只是单引号，但这没有用。然后，我尝试了：

qsub -l h_vmem=32G -l h_rt=04:00:00 "$(awk ...)"

但这似乎也不起作用（或者至少在提交之后，它没有返回错误，但实际上似乎没有提交。

使用所有不同的报价可以解决这个/任何解决方案吗？

Answer 1

使用多个级别的引用可能会引入错误，因此最好避免。

看来qsub期望脚本文件名或可执行程序后跟参数。但是，两种情况下的语法不同。参见：Submitting Job Directly by Specifying Executable on Command Line

qsub scriptfile

qsub -- program arg1 arg2 arg3 ...

因此，最简单的解决方案似乎不是嵌套引号而是在--前面加上

：

qsub -l h_vmem=32G -l h_rt=04:00:00 -- awk '{if (last != $10) close(last); print >> "/directory/working/"$10 ".txt"; last = $10}' /directory/working/working_file.txt

对于更长的命令行，将脚本另存为文件可能更好，qsub可以在该文件中找到它，因此您完全不必担心引用。

如果在其他情况下必须嵌套引号，则可以使用bash（v4.4 +）向您展示所需内容：

raw=$(cat <<'EOD'
awk '{if (last != $10) close(last); print >> "/directory/working/"$10 ".txt"; last = $10}' /directory/working/working_file.txt
EOD
)
quoted="${raw@Q}"

将awk与qsub一起使用，并引起报价问题

1 个答案: