为SGE任务ID指定非顺序数组

Question

我想提交一个包含SGE_TASK_ID非序列号列表的作业数组，我也会收到错误消息，＆＃34;字符串的初始部分＆＃39; file.sh＆＃39 ;不包含十进制数＆＃34;。有什么建议吗？

我有一个包含我想用作SGE_TASK_IDs的值的文件。我将这个文件叫做＃34; tasknumbers＆＃34; （确切地说它在文件中的显示方式）。

3 
5 
10 
25 
50 
100 

我有一个shell脚本来检索要输入的值作为SGE_TASK_IDs

#!/bin/sh
#taskid.sh
taskid=~/folder/tasknumbers
id=$(awk "NR==SGE_TASK_ID" $taskid)

我有一个额外的文件，其中SGE_TASK_ID将用作输入参数，我将调用file.sh（这是一个包含任务ID并在测试中输入值的包装器。）

在我输入的终端中（返回错误）：

qsub -cwd -N output -t $id ./file.sh -pe

错误：

qsub: Numerical value invalid!
The initial portion of string "./file.sh" contains no decimal number

Answer 1

也许这样的事情会起作用：

任务编号文件：

1
3 
5 
10 
25 
50 
100 

使用for循环为每个任务ID提交一个作业：

for id in `cat tasknumbers`
do
    qsub -cwd -N output -t $id ./file.sh -pe
done