Keras Conv1D的DNA序列

Question

我想使用keras对固定大小的DNA序列进行一维卷积。
DNA序列长45个碱基。每个序列已被一热编码。有一个内核大小= 3的过滤器。请参见下图：

我有1000个训练序列。 那么x_train的形状为：（1000，45，4）。
目标为True / False，形状为（1000，）

我试图这样使用keras：

K.clear_session（）

model = Sequential()

#add model layers
model.add(Conv1D(1, kernel_size=1, activation="relu", input_shape =(1000,45)))


#model.add(Flatten())
#model.add(Dense(2, activation="softmax"))


model.compile(optimizer='adam', loss='categorical_crossentropy', metrics=['accuracy'])

model.fit（x_train，y_train，epochs = 10）

但是出现以下错误：

ValueError: Error when checking input: expected conv1d_1_input to have shape (1000, 45) but got array with shape (45, 4)

Answer 1

在Conv1D层的输入形状中，您不应写出数据集中的序列数，而应明确指出一维编码DNA的2维。因此答案是input_shape =(45,4)应该成功。至于数据集中的序列数，您可以完全省略此数字，也可以将其划分为批处理大小（32、64、128 ...），这对于GPU性能来说更好：model.fit(x_train, y_train, batch_size=64, epochs=10)