与Poisson家族和偏移一起运行gam时出错

时间:2019-03-05 23:47:13

标签: r poisson gam mgcv

我正在尝试在R中运行游戏,但收到一条奇怪的错误消息。

通常,每取样水量我都有一些计数,我想根据该计数进行校正。我正在尝试生成一个平滑的函数,该函数适合作为深度函数的计数,并考虑了采样量的差异。

test <- structure(list(depth = c(2.5, 7.5, 12.5, 17.5, 22.5, 27.5, 32.5, 
37.5, 42.5, 47.5, 52.5, 57.5, 62.5, 67.5, 72.5, 77.5, 82.5, 87.5, 
92.5, 97.5), count = c(53323, 665, 1090, 491, 540, 514, 612, 
775, 601, 497, 295, 348, 357, 294, 292, 968, 455, 148, 155, 101
), vol = c(2119.92, 111.76, 156.64, 71.28, 77.44, 73.92, 62.48, 
78.32, 74.8, 81.84, 53.68, 80.96, 80.08, 79.2, 79.2, 77.44, 77.44, 
84.48, 73.04, 59.84)), class = c("tbl_df", "tbl", "data.frame"
), row.names = c(NA, -20L), .Names = c("depth", "count", "vol"
))

gam(count ~ s(depth) + offset(vol), data = test, family = "poisson")
Error in if (pdev - old.pdev > div.thresh) { : missing value where TRUE/FALSE needed

有人知道为什么这行不通吗?如果我摆脱了偏移量,或者如果我设置了family = "gaussian",该函数将按预期运行。

编辑:我发现

gam(count ~ s(depth) + offset(log(vol)), data = test, family = "poisson")

确实可以运行,我想我看到有人说想要对它们的偏移量进行对数转换,所以也许这确实可以。

1 个答案:

答案 0 :(得分:2)

您肯定需要将vol放在对数刻度上(对于此模型)。

更一般而言,偏移量会在链接功能的范围内进入模型。因此,如果您的模型使用family = poisson(link = 'sqrt'),那么您希望包含  偏移量为offset(sqrt(vol))

我怀疑错误是由于假设vol值在对数刻度上而初始模型拟合时,在似然度/偏离度中出现了一些溢出或差值。