Question

我正在使用R中的两个制表符分隔的表：

表1 ：多个样本（列）的物种（行）计数数据

SpeciesID   16Snem1 nem2    16Snem3 16Snem4
K00368  452.0   0.0 470.0   0.0
K00376  469.5   15.0    332.0   0.0
K00387  401.5   10.0    302.0   0.0

表2 ：与每个样本相关的元数据

SampleID    OceanRegion Habitat Depth
16Snem1 GulfofMexico    Seep    1000
16Snem2 GulfofMexico    Shore   1425
16Snem3 SouthernCalifornia  LopheliaSite    400
16Snem4 SouthernCalifornia  LopheliaSite    495

我的问题是：

在R中merge或bind这两个表的最佳方法是什么？
结合起来后，如何根据海洋区域，人居和深度等元数据绘制计数数据，而不是绘制每个样本？

Answer 1

数据表方法：

首先将您的第一个表熔化为长格式，然后在表2上执行左连接。

library( data.table )
melt( dt1, id.vars = "SpeciesID", 
      measure.vars = patterns( "^16Snem" ), 
      variable.name = "SampleID" )[ dt2, `:=`( OceanRegion = i.OceanRegion,
                                               Habitat = i.Habitat, 
                                               Depth = i.Depth),
                                    on = "SampleID"][]

#     SpeciesID SampleID value        OceanRegion      Habitat Depth
#  1:    K00368  16Snem1 452.0       GulfofMexico         Seep  1000
#  2:    K00376  16Snem1 469.5       GulfofMexico         Seep  1000
#  3:    K00387  16Snem1 401.5       GulfofMexico         Seep  1000
#  4:    K00368  16Snem2   0.0       GulfofMexico        Shore  1425
#  5:    K00376  16Snem2  15.0       GulfofMexico        Shore  1425
#  6:    K00387  16Snem2  10.0       GulfofMexico        Shore  1425
#  7:    K00368  16Snem3 470.0 SouthernCalifornia LopheliaSite   400
#  8:    K00376  16Snem3 332.0 SouthernCalifornia LopheliaSite   400
#  9:    K00387  16Snem3 302.0 SouthernCalifornia LopheliaSite   400
# 10:    K00368  16Snem4   0.0 SouthernCalifornia LopheliaSite   495
# 11:    K00376  16Snem4   0.0 SouthernCalifornia LopheliaSite   495
# 12:    K00387  16Snem4   0.0 SouthernCalifornia LopheliaSite   495

没有绘图应该很容易。

使用的示例数据

library( data.table )

dt1 <- fread("SpeciesID   16Snem1 16Snem2    16Snem3 16Snem4
K00368  452.0   0.0 470.0   0.0
K00376  469.5   15.0    332.0   0.0
K00387  401.5   10.0    302.0   0.0")

dt2 <- fread("SampleID    OceanRegion Habitat Depth
16Snem1 GulfofMexico    Seep    1000
16Snem2 GulfofMexico    Shore   1425
16Snem3 SouthernCalifornia  LopheliaSite    400
16Snem4 SouthernCalifornia  LopheliaSite    495")

在R中组合丰度数据表和元数据表

1 个答案: