如何使用Phytozome的基因ID为高粱基因列表创建节点和边缘

时间:2019-02-12 08:45:53

标签: cytoscape rna-seq

我在我的RNAseq中使用来自Phytozome的高粱ID。我想通过cytoscape创建特定基因列表的基因网络。不幸的是,我无法使用字符串或其他工具,因为无法识别我在Phytozome 12中使用的基因ID。所以我的问题是如何克服这个问题并为我的基因列表创建节点和边缘?提前致谢。

1 个答案:

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我不确定您使用的是哪个ID。 Phytozome成绩单名称(例如Sobic.008G038200.1)不起作用,但是我能够使“ Sb”符号在String中正常工作。您也可以尝试映射到基因符号(例如,Sb08g003290的ACR4)。除此之外,您只需要在脚本名称和更常见的标识符(例如Ensembl或Entrez)之间进行映射。

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