snakemake：使用奇点时正确报价

Question

我要运行以下shell命令

shell:
    """
    Rscript -e "rmarkdown::render('{input.markdown}', output_dir = 'output/{wildcards.version}', params = list(datapath = '../data/{wildcards.version}', max_lab_days = {config[max_lab_days]}, seed = {config[seed]}))"
    """

在正常模式下，一切都很好，但是在设置--use-singularity时会崩溃。我猜这是报价相关的问题，因为singularity exec在这里添加了另一层报价，对吧？

所以，我想我的问题是如何避免引用引文-任何想法？

Answer 1

好吧，原来是单引号'，这是问题-切勿在snakemake shell命令中使用它们，否则将无法移植到奇异的执行程序中。幸运的是，可以通过将'替换为\“来逃避Rscript -e命令。

真的有必要吗？