使用Snakemake时如何修复'文件名过长'错误

Question

使用Snakemake时，我将变量的值存储为文件名的一部分（例如“ processed / count_ {project} .tsv”）。最近，我开始使用带有许多协变量的R公式作为变量。现在出现错误，因为文件名对于操作系统而言太长。还有其他人遇到这个问题并有什么建议吗？有没有针对此问题的规范性Snakemake方法？

Answer 1

就我个人而言，将信息存储到文件名中并不是一个好主意。 相反，我将以表格或Yaml格式创建一个临时文件，将有问题的文件链接到协变量或其他数据。然后在R中读取此文件，否则将提取相关信息。

Answer 2

一个想法是改用路径，因为路径可以更长。