Question

我正在尝试将scanpy导入miniconda3的jupyter笔记本中。但是，当我尝试导入scanpy时，它给出了有关hdf5extension dll的ImportError。但是，当我查看包 tables 的目录时，我可以看到两个名为hdf5.dll和hdf5extension.cp37-win_amd64.pyd（https://gyazo.com/a7d5a9d7d28756a8d82bc060b33b91ca）的文件。我以为这些是应该导入的文件，但是我不明白导入有什么问题。

我以前在此系统上使用过scanpy，但是在我通过conda安装h5py后开始出现问题（不知道如果通过conda安装scanpy会自动包含h5py）。因此，首先我卸载了h5py，但无法正常工作。卸载并重新安装了miniconda3两次，但均不起作用。手动设置$ PATH变量也无济于事。

因此，我查看了回溯中引用的file.py，并发现 tables 目录中应该有一个文件。我找到了文件，并以为它们的名称可能不正确，因此我尝试更改名称，但也没有用。无法将python从3.7.1降级到3.6.6，也没有用python 3.6.6在conda中创建新的env并安装所有必需的软件包。

在带有miniconda3安装程序的conda 4.5.12的Windows 7 64位上工作。

Python 3.6.6 |由conda-forge打包| （默认值，2018年7月26日，11：48：23）[MSC v   .1900 64位（AMD64）]在Win32上   输入“帮助”，“版权”，“信用”或“许可证”以获取更多信息。

导入scanpy

回溯（最近通话最近一次）：

文件“ C：\ Miniconda3 \ envs \ py36 \ lib \ site-packages \ scanpy__init __。py”中的第1行，

来自。导入工具为tl

第12行中的文件“ C：\ Miniconda3 \ envs \ py36 \ lib \ site-packages \ scanpy \ tools__init __。py”

从.sim导入sim

文件
中的第19行，文件“ C：\ Miniconda3 \ envs \ py36 \ lib \ site-packages \ scanpy \ tools \ sim.py”
from .. import readwrite

文件“ C：\ Miniconda3 \ envs \ py36 \ lib \ site-packages \ scanpy \ readwrite.py”，第9行   在

导入表

文件
中的文件“ C：\ Miniconda3 \ envs \ py36 \ lib \ site-packages \ tables__init __。py”，第131行
从.file导入文件，open_file，copy_file

文件
中的“ C：\ Miniconda3 \ envs \ py36 \ lib \ site-packages \ tables \ file.py”，第35行
来自。导入hdf5extension

ImportError：DLL加载失败：找不到指定的过程。

Answer 1

我遇到了同样的问题，两次。

这似乎是Windows特定的问题。我的第一个解决方案是更新我的Visual Studio版本，该版本随附了C-Build Tools，可能需要以某种方式运行scanpy（？）。在一段时间内效果很好。

几个星期后，我再次遇到相同的ImportError。这次唯一有用的是使用旧版本的h5py（2.8）。设置新的虚拟环境或重置Miniconda软件包无济于事，specifying the hdf5-DLL save location作为Windows变量也无济于事。

我的建议是h5py 2.9版中的新hdf5库尚未与Microsoft VS的当前C编译器兼容。

希望这会有所帮助！

Answer 2

我在使用scanpy时遇到了同样的麻烦，我多次卸载了anaconda 我的问题如下：

>>> import scanpy
Traceback (most recent call last):
  File "<stdin>", line 1, in <module>
  File "C:\software\Anaconda\lib\site-packages\scanpy\__init__.py", line 32, in <module>
    from . import tools as tl
  File "C:\software\Anaconda\lib\site-packages\scanpy\tools\__init__.py", line 12, in <module>
    from ._sim import sim
  File "C:\software\Anaconda\lib\site-packages\scanpy\tools\_sim.py", line 24, in <module>
    from .. import readwrite
  File "C:\software\Anaconda\lib\site-packages\scanpy\readwrite.py", line 10, in <module>
    import tables
  File "C:\Users\xiaokang\AppData\Roaming\Python\Python36\site-packages\tables\__init__.py", line 99, in <module>
    from .utilsextension import (
ImportError: DLL load failed: 找不到指定的模块。

最后，我卸载了表包并重新安装了表包，然后对我来说很好

Answer 3

遇到了类似的问题，搞了半天。就这一点而言，问题出在 tables 包中，至少对我来说是这样。

tables 包已损坏。我通过 conda 卸载它并删除剩余的目录（必要的，所有以tables命名的目录；路径可以从错误信息中获得）然后我通过“pip”重新安装，因为我的“conda”频道没有它。

有趣的是，'pip' 使我感到温暖，我的 h5py(2.8.0) 已过时，并建议我将其更新到 2.10.0 以用于 scanpy。（事实上，scanpy 可以很好地工作）

如果你这样做了，恭喜，tables 又坏了。似乎 h5py(2.10.0) 也会安装 tables（但它有 win10 中的错误）另外，如果h5py得到ImportError: DLL load failed，也应该用类似的管道重新安装（手动删除）。

无论如何，scanpy 可以在 win10 scanpy==1.7.1 h5py==2.8.0 tables==3.4.4 中使用。如果最后重新安装 tables，也许 h5py 2.10.0 也可以工作。

ImportError：文件加载到工作目录中时，DLL加载失败

3 个答案: