Question

我正在尝试使用以下脚本通过使用min_dist方法来分析通过使用pymatgen.analysis.local_env模块获得的结果：

from pymatgen.analysis.local_env import
structure_from_cif = Structure.from_file("mp-685151TiO.cif")
neighbor_list = []
for i in range(len(structure_from_cif.species)):
    neighbors = get_neighbors_of_site_with_index(structure_from_cif, i, approach = "min_dist", delta = 0.3, cutoff= 3)
    neighbor_list.append([str(structure_from_cif.species[i])+str(i), str(neighbors)])

我得到以下输出，部分输出如下所示。我知道（）中的第一个坐标是笛卡尔坐标。我以为[]中的坐标是周期性图像，但是当我分析它们时，我对此表示怀疑。例如，任何人都可以帮助我了解这些坐标的实际含义和意义吗？ [-0.3863，-0.2759、1.3863]在第一种情况下，依此类推。

['Ti0'， '[PeriodicSite：O（-0.8310，-0.7224，22.9070）[-0.3863，-0.2759，1.3863]，PeriodicSite：O（-1.3193，1.8955，23.8405）[-0.3863，0.7241，0.3863]，PeriodicSite：O（1.6691， -0.7224，24.2132）[0.6137，-0.2759，1.3863]，PeriodicSite：O（1.1809，1.8955，25.1466）[0.6137，0.7241，0.3863]]']， ['Ti1'， '[PeriodicSite：O（-1.3145，-0.7079，26.8777）[-0.5786，-0.2704，1.5786]，PeriodicSite：O（-1.8028，1.9100，27.8111）[-0.5786，0.7296，0.5786]，PeriodicSite：O（1.1856， -0.7079，28.1838）[0.4214，-0.2704，1.5786]，PeriodicSite：O（0.6974，1.9100，29.1173）[0.4214，0.7296，0.5786]，PeriodicSite：O（-1.0443，-0.0383，29.4055）[-0.4205，-0.0146 ，1.4205]]']， ['Ti2'， '[PeriodicSite：O（-1.4562，0.0380，33.2391）[-0.5796，0.0145，1.5796]，PeriodicSite：O（-1.9444，2.6559，34.1725）[-0.5796，1.0145，0.5796]，PeriodicSite：O（1.0440，0.0380， 34.5452）[0.4204、0.0145、1.5796]，PeriodicSite：O（0.5557、2.6559、35.4787）[0.4204、1.0145、0.5796]，PeriodicSite：O（-1.1854、0.7081、35.7657）[-0.4213、0.2705、1.4213]]'] ，

Answer 1

方括号中的第二组坐标是该位置相对于结构格子的分数坐标。小数坐标环绕周期边界，因此：

[-0.3863，-0.2759，1.3863]

等效于[0,1）范围内的这些坐标：

[0.6137，0.7241，0.3863]

由于技术原因，默认情况下分数坐标不默认包装为[0，1），因为此信息对于某些仿真代码有意义。但是出于实际目的，最简单的解释方法是在[0，1）范围内。

原子的直角坐标旁边的坐标列表在邻居列表

1 个答案: