当我尝试使用rpy2界面安装r软件包时,它会弹出一个窗口供CRAN选择。当我选择并点击“确定”。再次询问如下
---请选择要在此会话中使用的CRAN镜像---。
它不允许从GUI中选择CRAN,并且ı试图作为文本输入,但也没有用。
如何解决此问题?
谢谢
from rpy2.robjects.packages import importr
base = importr("base")
utils = importr("utils")
utils.chooseBioCmirror(graphics=False, ind=1)
packname = ("oligo")
from rpy2.robjects.vectors import StrVector
utils.install_packages(StrVector(packname))
答案 0 :(得分:1)
我最初写道:
您检查了文档吗?
https://rpy2.github.io/doc/v2.9.x/html/robjects_rpackages.html#installing-removing-r-packages
没有意识到您遵循了文档。
自编写文档以来,R似乎发生了变化。 chooseBioCmirror()
似乎不再更改选项repos
:
>>> base.options('repos')
R object with classes: ('list',) mapped to:
[StrVector]
repos: <class 'rpy2.robjects.vectors.StrVector'>
R object with classes: ('character',) mapped to:
['@CRAN@']
以下选项似乎已更改。
>>> base.options('BioC_mirror')
R object with classes: ('list',) mapped to:
[StrVector]
BioC_mirror: <class 'rpy2.robjects.vectors.StrVector'>
R object with classes: ('character',) mapped to:
['https://bioconductor.org']
以下内容将更改CRAN镜像。
utils.chooseCRANmirror(graphics=False, ind=1)
我建议遵循bioconductor的最新文档来安装软件包。如上图所示设置CRAN镜像应使您无需安装软件包BiocManager
,而不必交互选择存储库。