使用Pheatmap包在热图中添加一个空白

Question

我使用以下代码制作了热图：

pheatmap

我想在第5行和第6行之间留一个空隙，以根据行注释分隔热图。

在gaps_row函数中，参数vector of row indices that show shere to put gaps into heatmap. Used only if the rows are not clustered. 似乎起作用。

{{1}}

我不确定如何实现。有人可以帮我弄这个吗？非常感谢。

Answer 1

我建议使用ComplexHeatmap软件包（website; Gu et al, 2016）。您可以使用devtools::install_github("jokergoo/ComplexHeatmap")安装它。

它具有更多的功能，但是您还必须花费更多的时间（例如，行注释和矩阵缩放）。

library(ComplexHeatmap)

# Create annotation for rows
my_sample_col_ano <- rowAnnotation(sample = my_sample_col$sample,
                                   show_annotation_name = FALSE)

# Scale original matrix row-wise
matS <- t(apply(mat, 1, scale))

# Plot heatmap
Heatmap(matS, 
        # Remove name from fill legend
        name = "",
        # Keep original row/col order
        row_order = rownames(matS), column_order = colnames(matS),
        # Add left annotation (legend with tumor/normal) 
        left_annotation = my_sample_col_ano,
        # ACTUAL SPLIT by sample group 
        row_split = my_sample_col$sample,
        show_row_names = FALSE, show_column_names = FALSE,
        show_row_dend = FALSE, show_column_dend = FALSE,
        row_title = NULL)

如果您想使用pheatmap的原始gaps_row传递参数，该参数等于组的大小（即正常）：

pheatmap(mat,
         scale='row',
         gaps_row = 5,
         annotation_row = my_sample_col,
         annotation_names_row=F,
         cluster_rows = FALSE,
         cluster_cols = FALSE,
         show_colnames = FALSE,
         show_rownames = FALSE)

如果您可以将多于两个的组而不是将数字值硬编码为gaps_row（即gaps_row = 5），则可以传递此代码段（head(as.numeric(cumsum(table(my_sample_col$sample))), -1)）。