我想知道是否可以制作200k行的热图？我有一个矩阵，其基因组坐标为行，每列代表每个患者中该区域的存在与否。所以我有15个病人（专栏）。现在，当我尝试使用heatmap.2或pheatmap时，我得到内存分配问题，我将如何使用整个矩阵生成热图。我的矩阵的值是jsut 0和1，我想根据热图绘制一些假设。我怎样才能使用它。我在我的笔记本电脑上尝试了一次，但它没有帮助，所以我试着在我们的Linux集群中非常强大。但仍显示以下错误。我该如何解决这个问题。我还添加了sessionInfo()。感谢任何解决方法
data<-read.delim("path/H3_marks_map.txt",sep="\t", row.names=1)
pdf(file="path/map/H3_maps1.pdf")
pheatmap(data,scale="none")
Error: cannot allocate vector of size 170.5 Gb
dev.off()
sessionInfo()
R version 3.1.2 (2014-10-31)
Platform: x86_64-unknown-linux-gnu (64-bit)
locale:
[1] LC_CTYPE=C LC_NUMERIC=C LC_TIME=C.UTF-8
[4] LC_COLLATE=C.UTF-8 LC_MONETARY=C.UTF-8 LC_MESSAGES=C.UTF-8
[7] LC_PAPER=C.UTF-8 LC_NAME=C LC_ADDRESS=C
[10] LC_TELEPHONE=C LC_MEASUREMENT=C.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C
attached base packages:
[1] stats graphics grDevices utils datasets methods base
other attached packages:
[1] RColorBrewer_1.1-2 pheatmap_1.0.7
loaded via a namespace (and not attached):
[1] colorspace_1.2-6 grid_3.1.2 gtable_0.1.2 munsell_0.4.2
[5] plyr_1.8.3 Rcpp_0.12.1 scales_0.3.0 tools_3.1.2