Question

我有一个通常在Linux的conda环境中运行的程序，因为我使用它来管理我的库，并遵循以下说明：

source activate my_environment
python hello_world.py

如何在与PBS兼容的高级计算机中运行 hello_world.py 。说明说明了如何运行如下所示的代码 script.sh ，并使用指令 qsub 进行调用。

# script.sh
#!/bin/sh
#PBS -S /bin/sh
#PBS -N job_example
#PBS -l select=24
#PBS -j oe
cd $PBS_O_WORKDIR
mpiexec ./programa_mpi

如何在Anaconda环境中通过qsub运行hello_world.py？

Answer 1

在激活环境和运行脚本之前，您需要加载Python模块。

module load python3

cd $PBS_O_WORKDIR
source activate my_environment

mpiexec python hello_world.py

查看您机构的有关其Python模块的文档。在我的机构中，Anaconda是Python3的环境模块，因此您可以按照我的说明加载它。

Answer 2

除非默认情况下它在环境中，否则还需要在 SGE(qsub) 脚本中“加载”conda（我认为类似的事情也适用于 slurm 脚本）。例如，我已将 conda 安装到下面 SGE 脚本中的目录中，因此我导出路径（如果 conda 作为模块安装在 HPCC 上，则只需加载它）：

#!/bin/bash
#$ -q compute
#$ -l compute
#$ -cwd
#$ -N name
#$ -j yes

export PATH=$HOME/miniconda3/bin:$PATH

source activate my_environment

environment function code...

在Anaconda环境中运行qsub

2 个答案: