MATLAB中具有马拉哈尼氏距离的TSNE算法的错误

Question

我有以下代码在matlab中使用TSNE特征约简算法来绘制数据

data=dlmread('features.txt');

meas=data(:,2:end);
species=data(:,1);

rng('default'); % for reproducibility
Y = tsne(meas,'Algorithm','exact','Distance','mahalanobis');
gscatter(Y(:,1),Y(:,2),species);
title('Mahalanobis');

但是，通过运行它，我遇到了以下问题：

  

马哈拉诺比斯度量标准的协方差矩阵必须对称且   正定。

     

tsne中的错误（第323行）           tempDistMat = pdist（X，distance）;

     

绘图功能错误（第7行）Y =   tsne（meas，'Algorithm'，'exact'，'Distance'，'mahalanobis'）;

在其他距离处，绘图可以正确进行，我的代码或数据可能会发生什么？

可以找到我的数据HERE

Answer 1

问题确实确实与Mahalanobis距离有关。

根据tsne documentation，关于distances的段落：

  

'mahalanobis'-马氏距离，使用正定协方差矩阵nancov（X）计算。

您的矩阵meas似乎不满足此要求。您可以使用chol函数进行确认。正如documentation所说：

  

[R，p] = chol（A）对于正定A（...）p为零。 如果A不是正定的，则​​p是正整数。

我尝试了您的数据：

data=dlmread('features.txt');
meas=data(:,2:end);
[~, p] = chol(nancov(meas))

它返回了p = 389，所以nancov(meas)不是正定的。

它适用于其他距离，因为它们没有这种要求。