Question

我创建了一个句柄为fw的新文件。

fw.create_dataset('grp1/varname',data=arr)

在此命令之前创建组。 arr是一个尺寸为（2,3）的numpy数组。文件创建成功。但是，这些维度分别命名为phony_0和phony_1。我如何将它们改为m和n？

一般来说，如何在组内创建维，然后将变量与之关联？

我尝试过

fw['grp1/varname'].dims[0].label = 'm'

但这并没有达到预期的效果。

在创建的文件上

ncdump -h显示：

group: grp1 {

        dimensions:
                phony_dim_0 = 2 ;
                phony_dim_1 = 3 ;

        variables:

                float varname(phony_dim_0, phony_dim_1) ;
                        string varname:DIMENSION_LABELS = "m", NIL, NIL ;
        } // group grp1

谢谢

print（[dim.fw中的dim标签['grp1 / varname']。dims]）确实产生一致的输出。 [u'm'，u'']

似乎hdffiles没有提供将维与组关联的规定。但是，varname是变量。如何获得：

   variables:
            float varname(m, phony_dim_1) ;
                    string varname:DIMENSION_LABELS = "m", NIL ;
    } // group grp1

在ncdump -h或h5dump的输出中？我确实使用h5dump尝试了其他选项。

谢谢。

Answer 1

部分问题可能是您使用ncdump。

我可以制作一个简单的文件，并为数据集设置dims标签：

In [420]: import h5py
In [421]: f = h5py.File('testdim.h5','w')
In [422]: ds = f.create_dataset('grp1/varname', data = np.arange(10))
In [423]: ds
Out[423]: <HDF5 dataset "varname": shape (10,), type "<i8">

查看dims属性：

In [424]: ds.dims
Out[424]: <Dimensions of HDF5 object at 140382697336904>
In [426]: ds.dims[0]
Out[426]: <"" dimension 0 of HDF5 dataset at 140382697336904>
In [427]: ds.dims[0].label
Out[427]: ''
In [428]: ds.dims[0].label = 'm'

In [436]: dd=ds.dims[0]
In [437]: dd?
Type:        DimensionProxy
String form: <"m" dimension 0 of HDF5 dataset at 140382697336904>
Length:      0
File:        ~/.local/lib/python3.6/site-packages/h5py/_hl/dims.py
Docstring:   Represents an HDF5 "dimension".
In [439]: dd.values()
Out[439]: []
In [440]: dd.label
Out[440]: 'm'

该群组没有dims：

In [442]: g = f['grp1']
In [443]: g
Out[443]: <HDF5 group "/grp1" (1 members)>
In [444]: g.dims
AttributeError: 'Group' object has no attribute 'dims'

In [446]: f.flush()

使用h5dump：

1902:~/mypy$ h5dump testdim.h5 
HDF5 "testdim.h5" {
GROUP "/" {
   GROUP "grp1" {
      DATASET "varname" {
         DATATYPE  H5T_STD_I64LE
         DATASPACE  SIMPLE { ( 10 ) / ( 10 ) }
         DATA {
         (0): 0, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9
         }
         ATTRIBUTE "DIMENSION_LABELS" {
            DATATYPE  H5T_STRING {
               STRSIZE H5T_VARIABLE;
               STRPAD H5T_STR_NULLTERM;
               CSET H5T_CSET_ASCII;
               CTYPE H5T_C_S1;
            }
            DATASPACE  SIMPLE { ( 1 ) / ( 1 ) }
            DATA {
            (0): "m"
            }
         }
      }
   }
}
}

使用ncdump来显示netcdf文件：

1902:~/mypy$ ncdump -h testdim.h5 
netcdf testdim {

group: grp1 {
  dimensions:
    phony_dim_0 = 10 ;
  variables:
    int64 varname(phony_dim_0) ;
        string varname:DIMENSION_LABELS = "m" ;
  } // group grp1
}

我最好的h5df格式没有组尺寸； ncdump为此创建一个伪属性。

要重申对上一个问题的答案，HDF5尺寸的文档为：

http://docs.h5py.org/en/latest/high/dims.html

https://www.unidata.ucar.edu/software/netcdf/docs/interoperability_hdf5.html

对于HDF5文件

如果不使用尺寸比例，则netCDF-4仍可以编辑文件，并为每个可变形状发明匿名尺寸。

NETCDF具有共享的尺寸，HDF5具有尺寸比例。它们并不完全相同。

http://www.stcorp.nl/beat/documentation/harp/conventions/hdf5.html

在HDF5数据模型中，没有共享尺寸的概念（与netCDF不同）。 HDF5数据集的形状被指定为尺寸长度的列表。但是，netCDF-4库使用HDF5作为其存储后端。它使用HDF5尺寸比例尺表示共享尺寸。

Answer 2

您的输出显示varname数据集的第一个维度标签为“ m”。这些phony_dim_N标签仅包含每个维度的实际大小，而不是标签。

print([dim.label for dim in fw['grp1/varname'].dims])的输出是什么？

h5py：如何重命名尺寸？

2 个答案: