几年前，我得知我可以用shebang制作一个Makefile可执行文件而高兴极了：
#!/usr/bin/env make -f
这样，我可以使用./my-pipeline而不是make -f my-pipeline来调用我的工作流程。
自那以后，我开始在分析工作流程中开始优先使用Snakemake而不是GNU Make。有没有一种简单的方法可以用Snakemake实现类似的行为？
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取决于您的平台以及是否需要传递其他参数，您也许可以轻松地做到这一点，或者做一些棘手的事情来使其工作。
如果
#!/usr/bin/env make -f
为您工作，这太棒了，因为它意味着您可以通过shebang传递任意多个参数（例如，如果您使用的是MacOS，则可能有效）。所以您应该只能说：
#!/usr/bin/env snakemake -s
这里的窍门是，您当前正在执行的脚本的文件名将作为最后一个参数传递给在shebang行中调用的任何内容，因此此行将使用文件本身作为输入来运行snakemake，无论它叫什么（即不必称为Snakefile）。
对我来说，这是行不通的，因为我只能通过Linux系统上的shebang行传递一个参数。如果我知道snakemake的路径，并且不需要指定其他命令行参数，则仍然可以使它像这样工作：
#!/usr/local/bin/snakemake -s
如果您需要做任何更复杂或跨平台的事情，这可能是一个不错的起点：How to use multiple arguments for awk with a shebang (i.e. #!)?