在配置文件中使用Snakefile变量[snakemake]

Question

是否可以在配置文件中使用Snakefile中的变量？在下面的例子中，我希望Snakefile将'foo'识别为变量名并使用它的值。

Snakefile：

from pathlib import Path

foo = Path('path_to_dir')

rule all:
   input:
       config['OUT_FILE')

配置文件：

OUT_FILE: foo / "data/results/abc.png"

如果无法做到这一点，是否有可以使用的备用解决方案？

Answer 1

您可以在配置中使用占位符或相对路径，并在解析配置文件后以编程方式将其替换为Snakefile的开头。请记住，snakemake是python plus规则语法，因此您可以直接在工作流中使用任何python代码。