为什么Snakemake没有看到符号链接文件？

Question

我有一条规则，其输出文件是符号链接文件。即使已创建链接文件，Snakemake也会退出并显示MissingOutputException并列出缺少的输出文件。如果不是使用“ ln -s”进行符号链接，而是使用“ cp -p”复制文件，则可以使用。我尝试增加--latency-wait，但是没什么区别。

Answer 1

听起来像符号链接时使用相对路径的源文件。使用绝对路径。

Answer 2

Snakemake将断开的符号链接视为丢失的输出。