我想在gbm结果的部分相关图(PDP)中显示置信区间(CI)。
在此软件包或与PDP相关的常规软件包中,CI无法在PDP中说明。
有什么办法解决这个问题?
谢谢。
p.s。这是我下面的示例代码。 (打印不带CI的PDP)
install.packages("survival")
install.packages("randomForestSRC")
install.packages("gbm")
library(survival)
library(randomForestSRC)
library(gbm)
data(pbc, package="randomForestSRC")
data <- na.omit(pbc)
exposure <- names(data[, names(data.model) !=c("days", "status")])
formula <- as.formula(paste("Surv(days, status)~", paste(exposure, collapse="+")))
set.seed(123)
ex <- gbm(Surv(days, status)~.,
data=data,
distribution="coxph",
cv.folds=5,
shrinkage=.01,
n.trees=1000)
plot(ex, i.var=2)