如何从gbm结果的部分依赖图中打印置信区间?

时间:2018-10-01 15:38:24

标签: r confidence-interval gbm

我想在gbm结果的部分相关图(PDP)中显示置信区间(CI)。

在此软件包或与PDP相关的常规软件包中,CI无法在PDP中说明。

有什么办法解决这个问题?

谢谢。

p.s。这是我下面的示例代码。 (打印不带CI的PDP)

install.packages("survival")
install.packages("randomForestSRC")
install.packages("gbm")

library(survival)
library(randomForestSRC)
library(gbm)

data(pbc, package="randomForestSRC")
data <- na.omit(pbc)

exposure <- names(data[, names(data.model) !=c("days", "status")])
formula <- as.formula(paste("Surv(days, status)~", paste(exposure, collapse="+")))

set.seed(123)
ex <- gbm(Surv(days, status)~., 
          data=data,
          distribution="coxph",
          cv.folds=5,
          shrinkage=.01,
          n.trees=1000)

plot(ex, i.var=2)

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