如何在HPC群集上使用PBS运行perl脚本?

时间:2018-09-17 12:24:45

标签: perl hpc pbs

我正在努力运行需要多个必需模块(perl模块)的perl脚本。我可以提交这份工作的唯一方法是:

qsub my_code.pbs

root admin不允许直接提交的Shell命令。
perl默认为5.10版,但我可能需要perl 5.16或更高版本,并且没有root特权。我知道到目前为止,PBS脚本希望任何程序都可以作为PBS模块加载
这就是我尝试使用mpirun

#!/bin/csh
#PBS -l walltime=10:00:00
#PBS -N hello_world1
#PBS -q workq
#PBS -l select=4:ncpus=16:mpiprocs=16
#PBS -l place=scatter:excl
#PBS -V

module load "/usr/bin/perl"
cmd="perl t2.pl"
mpirun -np 2 $cmd
# Go to the directory from which you submitted the job
echo PBS working directory is $PBS_O_WORKDIR
# echo PBS default server is $PBS_DEFAULT
echo $PBS_NODEFILE  

我不确定是否应该直接添加

perl t2.pl  

代替mpirun。
perl未在可用模块中列出。即使我可以通过请求root管理员完成操作,我仍然不确定所需的 perl模块是否可以正常工作?

我的perl代码要求:

use threads;
use threads::shared;

use List::Util qw( sum );
use YAML;
  

注意:Perl模块是我在perl代码中使用和调用的cpan模块。
  PBS Module是指通过模块脚本在HPC群集上加载的软件模块。

0 个答案:

没有答案