如何使用Qalter清除PBS作业依赖关系?

时间:2019-03-04 14:16:18

标签: hpc pbs

假设我使用qsub -W depend=afterok:JOBID将具有依赖性的作业发送到集群,如何使用qalter命令(使用PBSpro调度程序)清除该作业?我在qalter man page中找到了一些信息,但是找不到如何清除它的方法,只是如何创建新的依赖项。

1 个答案:

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在一些朋友的帮助下,我得到了一个答案,显然我不得不提交一个qalter命令来更改依赖关系,但是没有指定一个新的JOBID,而是省略了{{1 }}。

示例:

提交取决于成功完成先前工作的工作(例如:JOBID

1234

新提交的作业将保留,直到作业qsub -q my_queue -l ... -W depend=afterok:1234 file.pbs 1234完成。我们可以使用ExitStatus:0命令检查JobId和新提交的作业的状态(对于保留,其状态应为H,其ID为qstat)。 然后,如果我们决定不需要等待第一个命令完成,则我们 可以清除依赖项:

1235

请注意,我省略了qalter -W depend=afterok 1235 之后的冒号和依赖项ID,而afterok要求将其更改的JobId作为其最后一个参数。