通过PBS使用安装在计算节点上的mpirun

时间:2019-04-11 10:24:43

标签: mpi hpc pbs

我试图在PBS队列中使用mpirun并行运行代码。我正在使用的脚本如下:

#!/bin/bash
#PBS -S /bin/bash
#PBS -l nodes=1:ppn=4 
#PBS -l walltime=4:10:00
#PBS -N job
#PBS -j oe

/usr/bin/mpirun -np 4 a.out

其中a.out是可执行文件。问题是我正在使用的mpirun是群集主节点上的那个。我想使用安装在我自己的计算节点上的mpirun,它也位于/ usr / bin / mpirun中。

我尝试仅将mpirun复制到文件夹中并运行该行

./mpirun -np 4 hello.out

并适用于一些简单的“ hello world”程序,但不适用于更复杂的代码。如果我只是键入,它也可以在我的计算节点上工作

/usr/bin/mpirun -np 4 a.out

如何在PBS脚本中使用计算节点的mpirun?我只是不能在主节点上使用这些东西,因为它是一个旧的Linux版本,我不准备更改。

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