在biopython食谱中，我找不到如何实际运行Code:
using System;
using System.Data;
using System.Data.SqlClient;
using System.Data.SqlTypes;
using Microsoft.SqlServer.Server;
using System.IO;
using System.Diagnostics;
using System.Text;
public partial class StoredProcedures
{
[Microsoft.SqlServer.Server.SqlProcedure]
public static void RunTestBat()
{
ProcessStartInfo pPStartInfo = new ProcessStartInfo("cmd.exe");
pPStartInfo.WorkingDirectory = @"C:\Temp";
pPStartInfo.UseShellExecute = true;
pPStartInfo.Arguments = string.Format(@" /C test.bat");
Process p = new Process();
p.StartInfo = pPStartInfo;
p.Start();
p.WaitForExit();
}
};
的方法。我已经完成了菜谱上的操作，但是它没有运行clustalw只是在打印
clustalw有人可以帮助我如何实际运行clustalw2 -infile=opuntia.fasta
吗？
答案 0 :(得分：1)
此部分是从BioPython文档中复制的。
来自Bio.Align.Applications的>>>导入ClustalwCommandline
>>> cline = ClustalwCommandline（“ clustalw2”，infile =“ opuntia.fasta”）
>>>打印（直线）
clustalw2 -infile = opuntia.fasta
如果您运行
from Bio.Align.Applications import ClustalwCommandline
cline = ClustalwCommandline("clustalw2", infile="opuntia.fasta")
print(cline)
它将做三件事
ClustalwCommandline模块ClustalwCommandline对象如果要执行程序，则需要调用创建的对象
stdout, stderr = cline()
然后将使用您提供的参数运行整个程序。在stdout中可以找到“正常”输出，在stderr中可以找到所有错误。
如果遇到找不到可执行文件的错误，则需要将clustalw2的目录添加到路径中，或指定完整路径（例如cline = ClustalwCommandline("c:/users/gufran/programs/clustalw.exe", infile="opuntia.fasta"）。