Question

我有一个perl脚本可以自动执行多个多重对齐（我首先只使用一个文件和一个多重对齐制作脚本 - 虽然很大。我可以修改多个文件）并且我想输出生成的文件，但我不确定如何处理AlignIO：到目前为止，我有：

use warnings;
use strict;
use Bio::AlignIO;
use Bio::SeqIO;
use Bio::Tools::Run::Alignment::Clustalw;

my $file = shift or die; # Get filename from command prompt.
my $factory = Bio::Tools::Run::Alignment::Clustalw->new(-matrix => 'BLOSUM');
my $ktuple = 3;
$factory->ktuple($ktuple);

my $inseq = Bio::SeqIO->new(
                    -file => "<$file",
                    -format => $format
                   );

my $seq;
my @seq_array;
while ($seq = $inseq->next_seq) {
    push(@seq_array, $seq);
}

# Now we do the actual alignment.
my $seq_array_ref = \@seq_array;
my $aln = $factory->align($seq_array_ref);

一旦对齐完成，我就得到$ aln，这是我想要作为fasta文件离开进程的对齐 - 我尝试了类似的东西：

my $out = Bio::AlignIO->new(-file => ">outputalignmentfile",
                         -format => 'fasta');
while( my $outaln = $aln->next_aln() ){
    $out->write_aln($outaln);
}

但它没有用，大概是因为方法next_aln（）只适用于AlignIO的东西，而aln可能不是。所以我需要知道由行my $aln = $factory->align($seq_array_ref);生成的是什么以及如何将对齐的序列输出到文件中。我的下一步是树估计或网络分析。

谢谢，本。

Answer 1

$out->write_aln($outaln); 是否需要编写clustalw行返回的对象以将对象输出到该流。

BioPerl与clustalw - 输出文件

1 个答案: