Question

我正在使用snakemake在管道中实现新工具，但在这些代码行上遇到了一些麻烦：

resources:
    # Samtools sort requires by default 768M per threads
    # Here, be set the maximum amount of memory are 1.5Go per threads
    mem_mb = (
        lambda wildcards, attempt, threads: min(
        attempt * 250 + threads * 768,
        1536 * threads)
    )

错误是：

TypeError: <lambda>() missing 1 required positional argument: 'threads'
Wildcards:
sample=test_GATK
genome=fakefile

为了使这些行，我使用了此页面上的文档： snakemake documentation

要解决此问题，我改用以下代码：

resources:
    # Samtools sort requires by default 768M per threads
    # Here, be set the maximum amount of memory are 1.5Go per threads
    mem_mb = (
        lambda wildcards, attempt: min(
        attempt * 250 + config["threads"] * 768,
        1536 * config["threads"])
    )

我不知道为什么前一个不起作用，您能帮我解决一下吗？

感谢您的帮助：）

Answer 1

我对文档的阅读是，callable需要4个参数，而您却提供了3个乱序。

也许用4个参数组成一个lambda？如果它位于初始化文件的位置，我也要说-制作一个函数而不是lambda，然后可以使用3个关键字args。

Snakemake，“ lambda通配符，尝试，线程”麻烦

1 个答案: