Question

我正努力将我的样本表（TSV）整合到我的管道中。具体来说，我想手动定义样本通配符，而不是从补丁中读取它。原因是不应该分析路径中的所有样本。相反，我制作了一个样本表，其中包含样本列表，找到的路径，参考基因组等等。

表格如下：

name    path                reference
sample1 path/to/fastq/files mm9
sample2 path/to/fastq/files mm9

我在snakefile：

中加载了工作表

table_samples = pd.read_table(config["samples"], index_col="name")
SAMPLES = table_samples.index.values.tolist()

第一条规则应该在里面合并FASTQ文件，所以做这样的事情会很好：

rule merge_fastq:
  output:  "{sample}/{sample}.fastq.gz"
  params:  path = table_samples['path'][{sample}]
  shell:   """
           cat {params.path}/*.fastq.gz > {output}
           """

但如上所述，由于未定义样本通配符，因此无法正常工作。有没有办法可以说我上面定义的样本列表（SAMPLES）包含了应该执行规则的所有样本？

老实说，我觉得这个问题很愚蠢，但我已经花了几个小时寻找/搜索解决方案，此时我需要更多时间效率：D

谢谢！

Answer 1

您只需要一个目标规则，列出规则“merge_fastq”后您想要的所有具体文件：

rule all:
    input: expand("{sample}/{sample}.fastq.gz",sample=SAMPLES)

此规则必须放在其他规则的顶部。只有在工作流结束时定义所需的具体文件时，才能使用通配符。

手动创建snakemake通配符

1 个答案: