我使这段代码从文件中读取并写入另一个文件,但是写入文件为空。
f=open(FASTQFILE, "r")
fo=open(FASTAFILE, "w")
while True:
header=f.read()
if not header:break
header=header.strip()
seq=f.readline()
seq=seq.strip()
ignore=f.readline()
qualities=f.readline()
result=filter_quality(qualities.strip())
if (result >MINSIZE):
header=header[0].replace("@", ">") + header[1:]
fo.write(header+ "\n")
fo.write(seq[:result] + "\n")
f.close()
fo.close()
基本上,此功能将fastq转换为fasta文件