无法在Windows中将fastq文件转换为fasta文件

时间:2018-09-07 16:07:18

标签: python-2.7 fastq

我使这段代码从文件中读取并写入另一个文件,但是写入文件为空。

f=open(FASTQFILE, "r")
fo=open(FASTAFILE, "w")
while True:
    header=f.read()
    if not header:break
    header=header.strip()
    seq=f.readline()
    seq=seq.strip()
    ignore=f.readline()
    qualities=f.readline()
    result=filter_quality(qualities.strip())
    if (result >MINSIZE):
        header=header[0].replace("@", ">") + header[1:]
        fo.write(header+ "\n")
        fo.write(seq[:result] + "\n")
f.close()
fo.close()

基本上,此功能将fastq转换为fasta文件

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