如何将Fasta文件转换为sql表?

时间:2018-08-05 09:19:06

标签: sql database fasta

我这样有一个fasta文件temp_mart.txt:

ENSG00000100219|ENST00000005082
MTLLTFRDVAIEFSLEEWKCLDLAQQNLYRDVMLENYRNLFSVGLTVCKPGL

然后我尝试使用

将其加载到sql表中
load data local infile '~/Desktop/temp_mart.txt' into table mart

但是没有得到这样的输出:

+-----------------+------+------+
| ENSG            | ENST |               3UTR |
+-----------------+------+------+
| >ENSG0000010021 | ENST00000005082 |     MTLLTFRDVAIEFSL  |

我明白了:

+-----------------+------+------+
| ENSG            | ENST | 3UTR |
+-----------------+------+------+
| >ENSG0000010021 | NULL | NULL |
| MTLLTFRDVAIEFSL | NULL | NULL |
| EPWNVKRQEAADGHP | NULL | NULL |
| DKFTAMSSHFTQDLL | NULL | NULL |

一切似乎都进入第一列。将其加载到表中以按预期方式呈现的最佳方法是什么?我需要先将其转换为csv文件吗?

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