我自己编写了多个perl程序,它们计算基因组参数,更改标题,从基因组数据或fasta序列中提取特定序列。是否有任何方法可以构建一个软件包/软件,可以通过单击菜单中的按钮并使用我的perl程序来计算上述内容。
答案 0 :(得分:4)
PAR::Packer是一个实用程序,它将整个Perl项目捆绑成一个可分发的可执行文件,没有外部依赖项。它将Perl解释器本身和使用过的模块(带有XS二进制文件)打包到一个文件中。当用户执行这样的文件时,所有内容都会解压缩到临时位置,执行并在完成时进行清理。
答案 1 :(得分:0)
我不打算触及这部分的GUI部分,因为我不认为你在问这个问题。感觉就像是在询问有关分销的问题。请澄清我是否错了。
在我看来,你应该把你的程序分发为一个充满脚本的压缩目录,如下所示:
geneprogram/
geneprogram.pl
resources/
script1.pl
script2.pl
script3.pl
output/
script1.pl/
script2.pl/
script3.pl/
等。让geneprogram.pl成为您的主要GUI应用程序。它可以根据需要在单独的进程中调用您的脚本,并检查它们的输出,这应该在一些理解的位置,例如我显示的输出/目录。
如果您的脚本具有CPAN依赖关系,我会尝试使用App::FatPacker将它们“加载”到脚本中。大多数生物学家要么根本不使用Perl(所以不知道如何解决他们自己的依赖关系),更糟糕的是,做使用Perl,并且不想修改他们的安装来使用你的码。如果您的依赖项使用C - aka Perl XS,这将不起作用。对于这些库,您必须为各种体系结构独立构建XS文件,并发布与软件不同的体系结构相关版本。
最后,您需要考虑您的受众是否已在其系统上安装了合适的Perl版本。如果没有,您应该提供您的发行版的“独立”版本,其中包含完全可执行的perl。