.cat.fastq到.cat.fasta文件转换问题

Question

我试图将fastq转换为fasta而不先进行质量过滤。当我尝试使用fastx工具包来运行此转换时，它会在遇到低质量基础时给出错误消息并终止转换，以便我的转换输出很早就结束了。 （错误说质量得分低于-30）。

然后我尝试使用之前在此论坛上发布的有关如何使用sed转换为fasta的sed解决方案。这条线是：

sed -n '1~4s/^@/>/p;2~4p'

我输入终端的行是：

sed -n '1~4s/^@/>/p;2~4p' Sample_As_L001_R1.cat.fastq 

它吐出我想要的东西，但直接打印到终端。

如何让这些信息不能在终端上打印，而是打印到输出文件？

如何指定我希望输出进入的文件/文件名。感谢。

Answer 1

将其重定向到文件

sed -n '1~4s/^@/>/p;2~4p' Sample_As_L001_R1.cat.fastq > Sample_As_L001_R1.cat.fasta