LASSO分析(glmnet软件包)我可以绘制校准图吗?

时间:2018-09-07 02:54:56

标签: r plot predict calibration lasso

我想使用校正图将Logistic完整模型与LASSO回归模型进行比较。

现在我正在使用软件包glmnet;

library(glmnet)
res_lasso <- as.matrix( @database@ )
x_lasso <- res_lasso[,-1]
y_lasso <- res_lasso[,1]
glmnet_fit <- glmnet(x_lasso, y_lasso, family="binomial")
cv.glmnet_fit <- cv.glmnet(x_lasso, y_lasso, family="binomial",nfold=5)
opt_lambda <- cv.glmnet_fit$lambda.min
lasso_odds <- glmnet(x_lasso, y_lasso, lambda=opt_lambda, family="binomial")$beta
exp(lasso_odds)

但是我不使用这些结果来绘制校正图。

据我所知,至少有4个函数可以在R中绘制标定图; Calibration @ library(hdnom),calibration @ library(插入符号),calibrate @ library(rms),calibration.plot @ PresenceAbsence

通常,我淹没了像这样的校准图;

library(rms)
f <- lrm(ADL ~ sex + ... + bmi ,data= dt, x=TRUE, y=TRUE)
cal <- calibrate(f, group=dt$ADL)
plot(cal)

library(caret)
cal_obj <- calibration(Class ~ FDA + LDA, data = lift_results, cuts = 13)
plot(cal_obj, type = "l", auto.key = list(columns = 3, lines = TRUE, points = FALSE))

,我尝试做其他包装,但是不能。

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