我在3D矩阵中处理人类细胞。我用荧光显微镜对它们成像，然后对整个矩阵进行“ z叠加”（在z中以固定间隔拍摄的一组2d图像），以便可以看到所有细胞。
对于所有在同一表面/平面上的单元，FIJI / Cellprofiler中存在许多用于计数单元的插件。但是，将这些插件的z堆栈组合成一个好的2D图像非常困难。
作为参考，我已将所有切片上载到imgur：Link
我当前的方法是从显微镜中获取.lif文件并将其加载到FIJI中。我在FIJI中使用“ z project”功能进行2D投影。然后，我将2D图像移至Cellprofiler，并使用其内置模块进行检测。
我想知道是否有人有更好的方法/是否有任何技巧来计数悬浮在3D中的细胞？