带分水岭的图像分割:过度分割和合并连接区域

时间:2018-08-16 13:27:08

标签: python python-3.x opencv image-processing scikit-image

我正在尝试使用分水岭算法对3D断层图像进行分段。

以下是我的代码(a是我要分割的断层图):

D = ndimage.distance_transform_edt(a)

localMax = feature.peak_local_max(D, indices=False, min_distance=30,
                                  labels=a,threshold_abs=6,exclude_border=1)
localMax2 = feature.peak_local_max(D, indices=True, min_distance=30,
                                   labels=a,threshold_abs=6,exclude_border=1)

markers = ndimage.label(localMax, structure=np.ones((3,3,3)))[0]
labels = morphology.watershed(-D,markers,mask=a)

问题在于该算法对区域进行了分割,请参见图片(左侧为原始断层图,带有种子点(红色点)的中间欧几里得距离图,右侧为分割的图像)。如果我使用较少的种子点,则无法获得所有区域。有没有合并相邻区域的方法?

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