无法加载图形。将图形加载到igraph（从任意来源）“返回NULL”

Question

我正在使用igraph和networkx，并且尝试通过以下方式将我的nx图转换为igraph图

nx.write_graphml(nx_graph,filepath) # Export NX graph to file
ig_graph = ig.read(filepath,format="graphml") # Create new IG graph from file

这在一个机器上可以很好地工作，但是在另一个机器上我得到了错误

  

SystemError：类型为0x000002488D3FEE58的object类型的内置方法Read_GraphML返回NULL而不设置错误

我运行Windows10和Python 3.5。 有趣的是，在工作机上，python-igraph版本被指定为 在故障系统上为“ 0.7.1”，而在故障系统上为“ 0.7.1 + 5.3b99dbf6”，尽管我相当确定通过Christoph Gohlke的文件完成了相同的安装过程。

在像这样的简单测试设置中也会发生错误：

import igraph as ig
g = ig.Graph.Famous("zachary")
g.save("zachary.graphml")
g=ig.load("zachary.graphml")

因此，我敢肯定与networkx生成的文件无关，但我的igraph配置一定有问题。 我真的不知道系统的差异可能在哪里，所以如果您有任何想法请告诉我。

谢谢！ ：）

编辑：我也运行了测试套件

import igraph.test
igraph.test.run_tests()

它在两种设置上都运行良好-甚至是错误的设置。

Answer 1

我认为您在python-igraph的文件处理例程中遇到了一个已知错误，该错误仅在Python 3.x上才显示（但在Python 2.x上却没有）。 This is the issue在错误跟踪器中； this is the explanation和this is the patch that fixes it。不幸的是，由于该补丁以来没有新版本发布，因此您需要自行重新编译igraph才能摆脱它。

但是，请注意，只有在尝试加载图形时出现错误（异常）时才会触发该错误。我的第一个猜测是第二个系统上的igraph是在没有GraphML支持的情况下构建的，因此加载程序在读取文件时抛出异常（说明此构建中不存在GraphML的支持），从而触发了该错误。