安装并使用RPy2（使用conda），以便它在/ usr / lib / R R中使用默认的R安装。

Question

我想使用RPy2从Python的R包中调用函数。我使用conda安装了RPy2，并意识到它在conda内部安装了R的新副本...我不想要那样。我只想拥有一个R，并使用/ usr / lib / R中的默认R。

该怎么做？如何强制conda以及Python和RPy2使用/ usr / lib / R中安装的默认R？

Answer 1

请勿使用conda instal安装rpy2，而应使用pip install rpy2。这是您可能需要在rpy2之前安装的一些其他软件包：

conda install -y PyHamcrest
sudo apt-get install -y libreadline6-dev
pip install rpy2

一些注意事项：

1. which pip应该引用anaconda的路径
2. 在安装rpy2之前，应正确设置R的环境变量（R_HOME和PATH）

3. 安装后，调用import rpy2.robjects as robjects时可能会遇到错误：

   RRuntimeWarning：错误：dyn.load（文件，DLLpath = DLLpath，...）中“统计信息”的包或名称空间加载失败：  无法加载共享对象“ /usr/local/lib/R/library/stats/libs/stats.so”：   libRlapack.so：无法打开共享库文件：没有这样的文件或目录

为解决此问题，我在How I solved the error - libRlapack.so: cannot open shared object file: No such file or directory

中找到了解决方案

您需要找到您的libRlapack.so文件（在我的情况下，该文件位于/usr/local/lib/R/lib/中），否则以下命令应显示此文件的路径：

R CMD ldd /usr/local/lib/R/library/stats/libs/stats.so

，然后将此路径写入/etc/ld.so.conf.d/libR.conf，然后运行ldconfig：

echo "/usr/local/lib/R/lib/" >> /etc/ld.so.conf.d/libR.conf && ldconfig

那应该可以解决问题。