对于我的工作，我需要比对100种不同细菌的完整基因组。但是这次我只是测试了其中两个。我从NCBI下载了序列，并与progressiveMauve进行了比对。然后，我尝试运行以下软件。 https://sanger-pathogens.github.io/gubbins/首先，我将文件与progressiveMauve对齐。它产生了.xmfa文件，我知道我必须以正确的fasta格式转换文件。然后，我按照https://sourceforge.net/p/mauve/mailman/message/35156599/的指示进行操作 我选择了第二个，因为第一个的链接不起作用。
使用此脚本： https://github.com/kjolley/seq_scripts/blob/master/xmfa2fasta.pl
但是错误消息是
bash-4.2 $ run_gubbins.py t.fasta 意外的错误： 输入的FASTA文件出错：格式错误，因此请检查其 对齐
每个序列的长度必须相同 您输入的fasta文件有问题，因此直到您无法执行任何操作 你修好它 bash-4.2 $ awk'/ ^> / {if（seqlen）{print seqlen};打印; seqlen = 0; next; } {seqlen + = length（$ 0）} END {print seqlen}'t.fasta
1 7287934 2 7287685
因此，长度不一样。我该如何解决这个问题？而且有人可以提供给我其他脚本将xmfa转换为fasta吗？