SQLite查询通过RSqlite比sqlite3命令行界面慢得多

Question

我正在使用RSQLite包对本地SQLite数据库进行查询，对于某些查询，RSQLite接口非常慢。

作为一个具体示例，以下查询使用sqlite3命令行实用程序运行不到一秒：

$ sqlite3 data/svn.db
SQLite version 3.7.5
Enter ".help" for instructions
Enter SQL statements terminated with a ";"
sqlite> select count(distinct svn_path.revision)  FROM src INNER JOIN svn_path ON src.filename=svn_path.path;
5039

但R中的等效查询花了两分多钟时间并且使用了我的一个CPU的100％：

> library(RSQLite)
Loading required package: DBI
> con <- dbConnect(SQLite(), dbname="data/svn.db")
> dbGetQuery(con, "select count(distinct svn_path.revision)  FROM src INNER JOIN svn_path ON src.filename=svn_path.path")
  count(distinct svn_path.revision)
1                              5039

为什么通过R接口的性能如此之慢？

请注意，我在Mac OS X 10.6.6上使用R64 2.10.1。

Answer 1

重要的是您拥有的RSQLite版本。你的R版本似乎已经超过一年了，所以如果你的RSQLite和它一样旧，它可能是一个比Benoit建议的更老的引擎（例如3.6.4）。